阿里药房不可以用医保卡。阿里药房属于线上药店，消费者可在线上购买药品，但是医保卡一般不支持线上购药支付，因此，在大部分城市中，阿里药房是不可以使用医保卡的。但是，有一小部分城市展开了试点，支持在阿里健康大药房使用医保进行线上支付，消费者可以在购药支付时看一下是否有医保选项，如果有，则意味着可以用医保卡支付，若没有医保选项，则意味着当地还未开展试点，不能使用医保在阿里药房购买药品。
医保卡如何使用：
医保卡包含两个账户，即医保账户和活期账户，其中：
1.医保账户：医保包括医保个人账户和医保统筹账户，其中，医保个人账户可以直接在定点医院、定点药店线下刷卡使用，支付医保内自付医疗费用、自费医疗费用；医保统筹账户则是可以在参保人发生医保统筹内医疗费用，包括统筹内门诊医疗费用、统筹内住院医疗费用时，直接进行报销结算。此外，医保账户还可以用于入账社保局医保资金返还。需要注意的是，医保账户通常只能在医保定点医院、药店的专用pos机上刷卡使用。不过如果有医保电子凭证的话，那么可以在支持医保电子凭证的定点医疗机构刷医保电子凭证的二维码支付相关的医疗费用；
2.活期账户：激活医保活期账户后，就可以当做普通储蓄卡使用，其支持ATM存款取款、转账、快捷支付等功能。需要注意的是，医保卡活期账户一般还需要自行激活，参保人可以在办理职工医保参保登记后，从缴费次月起，携带好本人身份证原件和医保卡，前往医保卡合作银行的任一网点办理医保卡活期账户开户业务。