商业医疗的缺点有保费高、健康告知严格、不保证续保等，具体如下：
1、保费高，商业医疗险与医保相比，医保通常在几百元，而商业医疗有可以选择的几百元至几千元不等。
2、健康告知严格：商业医疗险对投保人的健康告知比较严格，尤其是对于既往症患者，基本上是会被拒保的。
3、不终身保证续保：纵观的百万医疗险和住院医疗险，能够保证续保的并不多，目前市场上最高续保的也只有20年，一旦到期，投保人将失去医疗保险的保障，保证续保期比较短。
4、免责细节：每款医疗险都有不能赔付的地方，如最常见的“既往病不赔”，“先天性疾病不赔”等等。
5、保障内容少：大多数的商业医疗险分为两类第一类是住院医疗险（管小病），第二类是百万医疗险（用于大病报销）。而大多数商业医疗险只针对意外发生的门诊有报销，如果是疾病看门诊，如感冒、发烧都是没有赔付的。
6、不能够单独报销：商业医疗险只能用专款专用的“门诊医疗险”索取理赔金，但商业医疗险门诊是不可以单独报销的。
7、采取费用报销形式理赔：个人医疗商业保险采取的是报销理赔的形式，即保险公司理赔的额度不会高于实际所花费的治疗费用。如果投保人重病之后还需要疗养所需费用则需要自己垫付。
8、免赔额：医疗险的免赔额较高，通常投保人如果患的是小病达不到免赔额就不能够进行报销。
9、就诊医院：医疗险通常只会报销合同范围内指定的就诊医院，如果不是在指定医院就诊，通常不会进行报销。
10、审核时间比较久，商业医疗险在进行报销时，通常需要先提交非常详细的就医资料和各种单据之后才能够进行报销，因此人工审核的时间比较长。
11、不提供寿险：商业医疗险通常只会提供医疗险合同范围内的保障，除此之外像身故之类的就不会理赔。