住院费用医疗保险通常可以在扣除了免赔额之后进行报销，但是不同的住院费用所能报销的比例、保额等有所差异，比如有的医疗险可以报销80%，有的医疗险可以报销50%。此外，部分医疗险还会有社保限制，比如如果用社保报销过，那么在扣除了免赔额后可以100%报销住院费用，但如果没有用社保报销，就只能报销80%。
被保险人因为保险事故住院后，还需要及时通知保险公司，如果医疗险说明可以申请垫付的话还可以申请保险公司先垫付医疗费用，不过无论是否可以垫付，都还需要被保险人在出院之后将住院小结、住院费用清单、住院发票等资料提交给保险公司，保险公司审核通过后，垫付了以理赔金抵扣，没垫付的则可以将理赔金打入投保人提供的银行账户中。