1、投资的方式不同：股票型基金是主动型基金，对看好的基金可以依据自己的策略去主动投资。而指数型基金是被动型基金，收益主要看指数的涨跌。是选取某个指数作为指标。为了使基金获得收益与该指数增长模型相同，则通过该指数构成的标准去购买相关的基金。因而投资的灵活性远不如股票型基金。
2、收益和风险不同：通常来说，股票型基金收益和风险都比较高。一方面，股票基金以追求长期的资本增值为目标，寻求资本快速增长，以此带来资本增值。面临着系统性风险、非系统性风险和管理风险。股票本身就是属于高风险的投资，以股票作为投资标的股票型基金风险自然也就较大。另一方面，在股市不好的情况下，股票基金能主动地规避风险，收益可能会比指数基金稍好一点。指数型基金风险和收益相对于股票型基金来说都比较低。指数型基金的投资是依据有关股票市场指数的分布投资股票，以令其基金回报率与市场指数的回报率接近。其中主要包括建仓、再投资和跟踪调整等。一般是先选定指数，接着构建投资组合，再调整组合的权重，最后监控误差进行调整。购买标的指数的所有股票，经过加权平均之后，指数型基金的收益和风险就比股票型基金低。
3、投资标的不同：股票型基金是指将不低于基金资产80%的资金投资到股票，并且投资股票的板块多种多样；指数型基金只会投资对应板块的股票，以中证500指数型基金来说，如果投资者购买这只基金，则相当于购买了这500只标的股。