基金持有份额变少不是亏损了，可能是因为基金合并、基金下折、申购基金扣除手续费导致基金实际买入份额减少。
1、基金合并。
基金合并是指基金份额的持有人将其持有的一定比例的子基金份额申请转换为母基金，合并基金份额并提高基金单位净值的行为。比如说，投资者要将手中持有的A基金和B基金进行合并，合并成母基金后，投资者持有的基金总份额会变少，净值会增加，投资者没有亏损。
基金合并这种情况多存在分级基金中。母基金下面有很多的子基金，若母基金的收益好或者母基金的估值偏低，投资者可以买入、合并子基金，最后赎回母基金，换取高收益。
基金合并流程：①T日，买入子基金；②T+1日，合并子基金；③T+2日，赎回母基金。
2、基金下折。
基金下折一般是指分级基金的B类子基金份额在净值持续下降，为了保证A类子基金份额的本金和预期收益安全，按照一定的比例向下进行折算。我国目前发生基金下折一般是由于分级B类基金的净值小于0.25。基金下折后，母基金、子基金的份额净值归为1元，子基金的份额进行配对之后剩余的部分将转换成母基金场内份额，投资者持有的基金份额会相应缩减，但是总资产不变。
基金下折流程：①T日，当B类基金的份额净值低于一定价格时（一般是0.25元），触发基金下折；②T+1日，母份额基金暂停申购赎回操作，A类基金和B类基金的份额上午停盘1小时后复牌，持有B类基金份额的投资者参与下折；③T+2日，母基金将暂停申购赎回操作，A类基金和B类基金的份额也暂停交易；④T+3日，母基金恢复各项业务，A类基金和B类基金份额停盘1小时后复牌交易。
3、申购基金扣除手续费导致基金实际买入份额减少。
投资者申购基金时，需要缴纳申购费、托管费、管理费等手续费，因此实际用于购买基金份额的资金会减少，这样投资者最后持有的基金份额就比预计持有的基金份额要少了。
基金份额净值减少的情况：
如果基金的份额净值变小了，可能是进行了基金拆分。基金拆分是指在保持基金投资人资产总值不变的前提下，改变基金份额净值和基金总份额的对应关系，重新计算基金资产的一种方式。基金拆分后，原来的投资组合不变，但是基金的份额增加，单位份额的净值就减少。