1、在支付宝上购买基金，与投资者使用股票账户在股票市场上购买基金相比较，其费用要高一些。
其中在股票市场上购买基金，只收取佣金费用，其费率一般为万分之三，不同的证券公司有所不同；而支付宝买基金收取申购费、赎回费和运作费，相比之下支付宝购买基金更贵。
2、在支付宝购买基金，与在基金官网购买基金相比，其费率要高一些。
一般来说，在支付宝上购买基金其费率是一折，在基金官网购买基金，其费率是0.8-1折，相比之下支付宝购买基金更贵。
3、在支付宝购买基金，与在证券公司，或者银行购买场外基金相比较，其费用要低一些。
在支付宝上购买基金其费率是一折，而证券公司或者银行购买基金费率折扣比较高，甚至有不打折的情况。
需要注意的是投资者通过官网购买基金需要开设基金账户，且只能购买该基金公司所管理的基金，不能购买其它基金公司发行的基金，而通过代销机构购买基金，可以购买不同基金公司所发行的基金，相对来说比较灵活。
投资者在支付宝上购买基金的手续费用主要包括以下几种：
申购费用
基金的申购费用一般在基金购买时，按照成交额扣取，其费率与成交额成反比，即成交额越大，费率越低，成交额越小，其费率越高，对于一些后端基金，在申购时不收取申购费用，等卖出时才收取；同时，对于货币型基金是没有申购费用的。
比如，投资者申购某基金10万元，其申购费率为1.2％，则投资者需要缴纳的申购费用＝100000×1.2％＝1200元。
赎回费用
基金的赎回费用一般在卖出时收取，与持有天数成反比，即持有天数越长，基金的赎回费率越低，甚至出现免赎回费用的情况，持有天数越短，其费率越高，对于持有天数小于7天的，将按照1.5%的标准收取赎回费用，货币型基金是没有赎回费用的。
运作费用
基金的运作费用主要包括基金的管理费用、托管费用以及销售服务费用，它们都是按前一日基金资产净值的一定比例逐日计提，按月支付，从基金资产中支付，无须向投资者另外收取。
比如，每日应付的基金管理费用＝（前一日的基金资产净值×年管理费率）／当年实际天数。
需要注意的是，有些基金是没有销售服务费用的，比较常见的a类基金，就没有销售服务费用。