1、溢价和折价风险。
场内基金主要在二级市场进行交易，但有些场内基金也可以在场外限额购买，这些场内基金容易出现交易价格高于基金净值的情况，也就是所谓的溢价。但二级市场内有些传统的封闭式基金也会出现折价交易的风险，即基金的市价低于基金净值。而无论场内基金出现溢价还是折价，都透露出可套利的信号。等到基金的溢价率或者折价率到达一定标准时，可能会吸引大批资金前来套利，几个交易日直接抹平基金的溢价或折价。甚至还可能直接让原本溢价的基金变成折价基金，让先入场的投资者遭受损失；或者让原本折价的基金变成溢价，不利于之后入场的投资者。场内基金在场外限购，可以抑制套利行为，而没有申购限制的基金，则通常溢价率和折价率都会比较容易被抹平。
而场外基金基本没有溢价和折价发行的困扰，场外基金的价格波动受基金重仓股的影响较大，套利空间较小，市值和净值差距小。
2、流动性风险。
虽然规模大的基金差价低，流动性充足，但这并不意味着所有场内基金的交易都很活跃，有些规模较小的场内基金可能会一整个交易日都没有发生交易，基金流动性严重不足。而且，对于投资者来说，挂出赎回基金的订单，就需要有其他投资者买入才行，如果基金行情不好，很可能就无法卖出了。
而场外基金在各大基金代销平台销售，交易门槛低，宣传手段也更多，基本不用考虑流动性差的问题。
3、操作失误的风险。
很多投资者都是在接触并投资操作了一段时间的场外基金后才开始进一步投资场内基金的，而场内基金的一些交易规则和场外基金不同，投资者很可能把操作场外基金的习惯带入场内基金，这就会导致操作失误，给投资者带来损失。比如说，投资者在场外基金收盘前可以撤单，而场内基金提交交易后是不能撤单的，如果投资者不了解规则，在场内基金冲动下单后，再后悔也于事无补了。
4、系统性风险。
系统性风险主要包括政策风险、利率风险、通货膨胀风险等，系统性风险直接冲击市场，而场内基金受市场环境的影响比场外基金大，因为场内基金可直接在二级市场中交易，受到系统性风险的直接影响；而场外基金在其他基金代销平台交易，受到间接影响。
5、大盘拖累。
场内基金在二级市场交易，其走势直接受大盘影响，投资者在申购赎回场内基金时，会将大盘走势也纳入分析范围，如果大盘走势不佳，投资者很可能放弃申购场内基金，这既造成了场内基金的资金流失，又会导致场内基金受低迷的大盘影响加重下跌趋势。而场外基金的投资标的不全是股票，不全在证券交易所内，所以大盘变动对场外基金的影响没有场内基金大。