医保账户余额跟缴纳的不一致，原因在于：
首先，医疗保险有个人账户，也有统筹账户。其次，医疗保险的保险费既有单位，也有职工。而纳入医保个人账户的资金，主要是由个人缴费，而单位缴费的钱，就会被纳入到医疗保险的统筹账户里。所以，就会发生医保账户余额与支付的保费不相符的现象。
另外，对于灵活就业的，个人缴纳的医保保费将会全部转入到医保个人账户，而不会转入统筹账户。
医保统筹账户余额怎么查询？
1、电话询问。在社会保障部门，可拨打“12333”，并按语音提示进行“自助查询”或“人工查询”。
2、定点医疗机构和药店刷卡查询。到指定的医院、药房、诊所刷卡，就能显示出医保基金的余额。
3、社保局查询。可以去社会保障局，通过柜台或自助机进行查询。
4、网站查询。可以登陆当地的劳动保障部门的官网，在上面输入自己的身份证号，就可以查询到自己的医疗保险账户里的余额。