个人所得税专项附加扣除的扣除方式包括以下几种：
子女教育：纳税人子女在全日制学历教育阶段（包括义务教育、高中阶段教育、高等教育）的支出，以及子女年满3岁至小学入学前处于学前教育阶段的支出，纳税人可选择由夫妻一方按每孩每月1000元扣除，也可选择夫妻双方分别按每孩每月500元扣除。
继续教育：纳税人在中国境内接受继续教育发生的支出，其中属于学历（学位）继续教育的支出，按每月400元扣除，扣除期限不能超过48个月（4年）；属于技能人员职业资格继续教育和专业技术人员职业资格继续教育的支出，在取得相关证书的当年扣除3600元。
住房租金：纳税人在主要工作城市没有自有住房而发生的住房租金支出，在直辖市、省会（首府）城市、计划单列市及国务院确定的其他城市的，按每月1500元扣除；除上述城市外，市辖区户籍人口超过100万的城市，按每月1100元扣除；市辖区户籍人口不超过100万的城市，按每月800元扣除。
需要注意的是，以上扣除标准可能会因政策调整而有所变化，因此纳税人在申报时应以最新政策为准。此外，纳税人还应确保所提供的扣除信息真实、准确，并妥善保管相关凭证和资料，以备税务机关查验。