企业销售二手车需要缴纳的税种是增值税。具体缴纳增值税的办法如下：
对于二手车经销企业，从事二手车经销的纳税人销售其收购的二手车，需要按照3%的征收率减按0.5%征收增值税。
对于非二手车经销企业，如果是一般纳税人且车辆抵扣过进项税，需要按适用税率计算缴纳增值税，并且可以开具增值税专用发票。
如果非二手车经销企业是小规模纳税人且是湖北地区，那么是免征增值税的。
如果非二手车经销企业是小规模纳税人且非湖北地区，那么需要适用3%征收率的应税销售收入，减按1%的征收率征收增值税。
这些规定可能会因地区和具体政策的变化而有所不同，因此在实际操作中，建议咨询专业的税务人员或律师，以确保正确理解和遵守相关税法规定，避免不必要的税务风险。