可以申请再次扣款。如未过扣款日期，可将足够的还款金额转入扣款银行卡，然后致电公积金贷款机构申请重新扣款。
可以补缴。公积金扣除余额不足的，可以以后补足，单位应当按时足额缴纳住房公积金，不得逾期或者少缴。
需要注意的是，如果住房公积金贷款银行在偿还月供时，个人还款账户中的余额不足，逾期信息将被记录在个人信用记录中，无法补救，为防止再次记录逾期，应立即存入足够的月供，由银行再次扣除。
公积金对冲是先收取出借人的公积金账户，再收取其配偶的公积金账户，最后收取出借人指定的银行贷款还款账户，三重还款通道保障是尽量避免对冲余额不足的情况。如果套期后的公积金余额不足，则失败的结果是当月套期失败，贷款逾期。一般逾期三次以上，公积金中心有权直接终止当月的对冲贷款还款业务，并将贷款逾期结果上报授信，影响个人信用。
公积金逾期怎么补交？
一般情况下有以下两种方式。
1.如果用户选择的公积金扣款方式是账户优先，就可以向公司说明情况，公司会帮忙缴纳。用户也可以选择自行存钱到公积金还款的账户里面，银行会进行划扣。
2.如果用户选择的公积金扣款方式是银行卡优先，则可以直接把钱打到账户上面等待银行自动划扣即可。