预付款是否需要开发票需要业务双方根据实际情况来协商。如果付款方要求开具增值税专用发票，就必须开，只是在发票上注明是预付款就可以了，等剩余的款到了再开剩余的发票。但因为开具的是正式增值税专用发票，其纳税义务已经发生，因此需要依法缴纳税款。
但是如果付款方没有要求，也可以先不开具，等收到全部货款后再开。具体做法是：企业收到合同预付款时可以先开收据，并注明是预付款并加有公章，等付完全款后再开据发票。在开具增值税专用发票时选择“未发生销售行为的不征税项目”进行开具，税率一栏填写“不征税”。
什么是预付款？
预付款是买方在交易合同签订后即向卖方支付一定金额的预付款。此方式不利于买方，一般在交易货物供不应求时采用。买方要负担商业风险、积压资金，实际上是向卖方提供信贷; 而卖方在发货前就收到货款，有利于资金周转，也无商业风险。
