1.农村信用社与农村商业银行的发行人不同。前者由农民入股组成，后者由农民、农村工商户、企业法人及其他经济组织共同入股。
2.性质也不同，农村信用社为股份合作制，农村商业银行为股份制有限公司。
3.监管部门也不同，前者受省联社监管，后者受银保监会监管。
4.管理结构上，农村信用社由社员自主管理，而农村商业银行采用现代企业管理制度。
农商行收款码需要手续费吗？
农商行的聚合收款码也需要支付手续费，但不同地区的农商行手续费率有所不同。一般来说，手续费率不超过千分之二，即一千元的交易大约需要支付2元手续费。尽管如此，值得注意的是，在银行推广聚合收款码期间，往往会给商户免除手续费的优惠。